显微镜的种类很多，它可以根据不同的用途，仪器的结构形九放大手段及光对标本的关系不同来进行分类。通常可分为光学显微镜和非光学显微镜（电子显微镜）两大类。而光学显微镜又根据结构的简繁分为简式显微镜（初级的）和复式显微镜（中级及的）。简式显嫩镜可由一块或几块透镜所组成，结构简单，放大倍串不高，而复式显微镜则由目镜、物镜和聚光镜等所组脉其结构较为复杂，放大倍率较高。在研究工作部门中，常用这种复式显微镜。复式显微镜又可根据不同的用途，结构形式和光对标本的关系进行分类：
1．缺不同用途进行分类
由于显微镜应用广泛，分类的名目亦较繁多，一般分为研究用显微镜、实验用显微镜、教学用显微镜、旅行用显微镜和示教用显微镜等。此外，还有原理相用途*不同的各种持式显微镜。如检查金属或其他不透明物体用的金相显微镜，地质部门检查矿石成分时则使用偏光显微镜，有时需要利用紫外光来观察荧光现象，则使用荧光显微镜；有时观察极微小物体时，需使用超声波显微镜，有时作相衬观察，需使用相衬显微镜；有时需要比较两个标本的异同，则使用比较显微镜。
2．被结构形式分类
按显微镜的结构形式可分为单简式、双筒式、体视式、弯臂式、直简式、组合式用接体式等等。各种结构形式都有各自的特点，都是根据应用需要决定的。
3．按光对标本的关系分类
根据光对标本的关系评分为透射法、折射法、反射法干涉法、光致法、偏光法等等。
近年来美国已研制成功一种放大率达100万倍的直接放大电子显微镜。利用这种显微镜可以在荧光屏上观察小至八十亿分之一英寸（约2A）的细节。而一般的电子显微镜的放大倍数仅为10万倍至60万倍。它所以放大倍率比较高，是将EM300型透射电子显微镜加以改进而实现的。
这种电子显微镜是采取三个方面的措施而健2A的线间距显示在它的荧光屏上。一、显微镜zui后的磁透镇经过特殊改装而使放大串提高一倍。二、所要研究试样的照明通过提高强度和把电子束集中在极小的试样范围内加以改进。三、通过仔细调节和减小振动来提高电于显微镜的分辨率．
通过以上方面的改进，于是在电子显微镜的荧光屏上可以看到非常清晰的象。能够看到金属晶体的晶格中的细小缺陷，同时还可以拍摄成照片和进一步放大。
过去大家认为，电于显微镜的能力很强，但由于产生的物象不是可见的电磁振荡，而是电子频谱。因此只能产生黑白物象，不能形成彩色象。近年来，荷兰“菲利浦公司”研制了彩色电子显微影科学家们根据原来的电子显微镜，同时处理物象本身和绕射干涉两种信息，这些信息借助特殊转换器而产生彩色物象。
另外，电子探针是在电子显微镜的基础上发展起来的电子光学仪器，是用极细的电子来作为探测针，以激发x射线，并对x射线进行光谱分析。由于每种元素的原于结构不同，因此每种元索受外来电子轰击后所发射出的X射线都具有益特定的波长，所以电子探针能对各种物质作定性和定量的成分分析。现在我国已试制了XW—01型电子探针，获得有关科研单位的好评。
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