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显微镜已用于推进各方面的科学研究。 显微镜技术的进步也意味着在科学的进步，因为新的研究手段，新的发现才不断的出现。
历史
的*个通过显微镜的镜头，以科学的重大贡献之一是通过人体的血液循环细胞的发现。 这有助于在细胞生物学中的预先研究。
生物学
克里斯蒂安Nusslein Volhard，爱德华B •刘易斯和埃里克Wieschaus在1995年获得诺贝尔医学奖，利用立体显微镜，他们在早期的遗传发现工作，发现果蝇的卵细胞如何成长为一个完整的有机体。
医药
使用显微镜，罗伯特 - 科赫发现导致结核病和霍乱杆菌赢得诺贝尔医学奖。 这也成为了细菌学的基础之一。
分子
随着*架原型机1930年左右的电子显微镜的发明，科学家们对病毒进行研究的能力，zui终原子粒子。
工业
显微镜也有先进电子和航空航天等行业。 联邦科学与工业研究组织的研究人员新开发的X射线超倍显微镜，可能会在能源生产未来的应用。
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