荧光显微镜用滤色片（色玻璃和干涉滤色片） 选取光源中的部分光谱段以获得荧光物质的激发光以及发挥相应的截止作用从原理上讲是*可以的, 但不可能配备那么多滤色片去适应所有的荧光物质的需要。如何建立zui小的滤色片系列, 组合后使之满足各种不同的要求, 这是设计者必须要认真权衡的问题。除了功能考虑外, 还要注意成本和滤色片寿命。色玻璃和干涉滤色片价位比, 目前相差百倍, 一些软膜干涉滤色片的寿命仅两年有效。因此设计者必须关注“用户”需要, 经常使用那些荧光色素, 对于特殊要求的可作为选用件特殊处理。
对于激发滤色片一般按激发光谱分为: 紫外区（UV ） 波段在340nm～ 380nm , 小于400nm; 紫ö蓝区（V ） 波段在390nm～ 460nm; 蓝光区（B） 波段在460nm～ 500nm; 绿光区（G） 波段在500nm～ 570nm , 目前还有黄光区（Y） 波段在570nm～ 595nm 之间, 各厂家在各激发区内还进行细分。细分的原则是按不同的激发波带宽度和峰值, 如在B 激发中分为400nm～ 490nm; 420nm～ 490nm; 450nm～ 490nm; 465nm～ 495nm和470nm～ 490nm 5 种。
截止滤色片要阻挡非荧光在象面上出现, 来自被检物体的杂散光和反射光一旦进入观察系统后会使衬度降低, 因为它比荧光具有更高的亮度。对于截止滤色片的要求是它的光谱特性和它是否产生自发荧光。
设计截止滤色片的光谱特性时, 除了要考虑荧光的发射光谱外, 还需注意到激发光谱往往与发射光谱有一重叠区的处理。由于荧光大都在400nm～ 660nm 区域内, 若用长波通滤色片, 起始透射谱线为400nm , 每隔10nm～ 30nm 增加, 一般配备10 片即可满足了。
荧光显微镜还常需用隔热玻璃如（XRB1～ 3） 和色温滤色片（牌号为SSB10～ 200） 调节色温以适应摄影要求。
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